Studiju programmas apguves beigās studējošie kārto valsts/gala pārbaudījumu – patstāvīgi izstrādā, rakstveidā noformē un publiski aizstāv kvalificētu, lietišķu pētījumu – maģistra darbu. Maģistra darbā, atkarībā no studējošā izvēles, tiek veikti jūras transporta nozarei aktuālu problēmu lietišķie pētījumi dažādās nozīmīgās nozares vai starpnozaru jomās: kuģu un ostu inženiersistēmas un tehnoloģijas; vides aizsardzība un drošība uz kuģiem, ostās un jūrā; ostu un terminālu darbības efektivitāte un attīstība; kravu un pasažieru pārvadājumi; jūrnieku apmācība, darbā iekārtošana, noslodze un sociālā nodrošinātība u.c.